Стерилизация инструментов – первый шаг на операции. Инструменты можно стерилизовать, кипячением (основной способ), обжиганием (фламбирование) и антисептическими растворами (химическая стерилизация).
Перед стерилизаций инструменты протирают, удаляя с них вазелин, и проверяют их исправность. Инъекционные иглы после удаления смазки промывают эфиром или спиртом. Сложные инструменты (ножницы, иглодержатели, гемостатические пинцеты) стерилизуют полураскрытыми или в разобранном виде. Режущие и колющие инструменты обвёртывают марлей для предохранения от затупления.
Стерилизация кипячением. Для стерилизации инструментов пользуются простым  стерилизатором,  для подогрева которого используют любой источник тепла (примус, газовую плиту, электроплитку и т. д.), или электрическим. При отсутствии стерилизатора используют любую эмалированную посуду с крышкой.
Стерилизатор представляет собой продолговатую металлическую коробку с крышкой и вставной сеткой с ручками, за которые ее удерживают крючками при извлечении инструментов из кипящей воды.
При работе с электрическими стерилизаторами следят за исправностью проводов, штепсельной вилки и розетки, а также не допускают затекания воды в нагревательный элемент. Стерилизатор ставят на огнеупорный материал.
Для стерилизации инструментов кипячением в стерилизатор наливают необходимое количество воды  и добавляют 0,25% гидроокиси натрия или 2% карбоната натрия. Указанные растворы щелочей, осаждая углекислые соли кальция и магния, предохраняют инструменты от ржавчины. Раствор доводят до кипения и через 3 – 5 мин с момента его закипания в стерилизатор погружают сетку с предварительно разложенными на ней инструментами. В холодную воду инструмент класть нельзя, так как выделяющийся при нагревании ее кислород быстро окисляет металл.
Продолжительность стерилизации инструментов 15-20 мин; время отсчитывают от момента закипания раствора после погружения в него сетки с инструментами. По истечении указанного срока сетку извлекают из стерилизатора и, как только стечет с инструментов вода, их раскладывают на стерильном инструментальном столике, тазике или оставляют в стерилизаторе, предварительно вылив из него воду.
Инструменты после операции моют щеткой в проточной воде, кипятят в 2%-ном растворе бикарбоната натрия, вытирают, слегка смазывают (только замок) вазелиновым маслом и убирают в инструментальный шкаф. Продолжительность кипячения инструментов после асептических операций 15 мин, а после гнойных  – 45 мин. Инструменты, загрязненные анаэробными микробами (возбудители газовой гангрены, столбняка, некробациллеза и др.), кипятят с небольшими перерывами 2-3 раза по 30 мин.