Еластичні лігатури при всій їх естетичності, зручності накладення, переносимості пацієнтом, не забезпечують надійного заповнення дугою паза брекета. При наявності навіть невеликих ротацій і при жорсткості дуги, що перевищує поріг розтягування лігатури, не завжди можна розраховувати на те, що розтягнута еластична лігатура здатна втягнути в паз брекета дугу на манер гумової тяги. Крім того, еластичні лігатури можуть бути протипоказані пацієнтам з низьким рівнем гігієни порожнини рота, бо вони підсилюють утворення нальоту навколо брекета.
Еластичні лігатури затримують їжу, що призводить до зміни їх кольору, внаслідок чого повинна частіше проводитися заміна. Ще рідше еластичні лігатури використовуються на нижній щелепі, так як в силу необхідності раннього контролю за торком прямокутна дуга застосовується вже на ранніх стадіях лікування. Однак при великій скупченості зубів потрібно застосування круглої дуги, а отже, еластичних лігатур. При розбуханні і розтягуванні еластичною лігатури потрібно її термінова заміна щоб уникнути вислизання дуги з паза брекета і як наслідок можливості некерованого переміщення зуба.
Незважаючи на наявні недоліки, еластичні лігатури стали застосовуватися частіше дротяних через більшої швидкості і простоти установки.